Βασική επιδίωξη του Φορέα Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. είναι να συνδυάσει τη διατήρηση της βιοποικιλότητας και την προστασία των οικοσυστημάτων με την αυξανόμενη οικονομική ανάπτυξη και κοινωνική συνοχή σύμφωνα με τις αρχές της αειφόρου ανάπτυξης. Πιο συγκεκριμένα οι στόχοι είναι:

Η ανάπτυξη τοπικών ανθρωπογενών δραστηριοτήτων που συμβαδίζουν με την προστασία του φυσικού περιβάλλοντος.

Η συμμετοχή όλων των πολιτών και των κοινωνικών ομάδων, χωρίς διακρίσεις, στα οφέλη που θα προκύψουν από τη διαχείριση της περιοχής.

Η ενεργή ανάμιξη της τοπικής κοινότητας στη φροντίδα και ανάπτυξη του Θαλασσίου Πάρκου.

Η διάχυση και διάδοση των οφειλών που θα προκύψουν από την αειφόρο διαχείριση της περιοχής, όχι μόνο στα στενά όρια του θαλάσσιου πάρκου, αλλά και σε ένα ευρύτερο, γεωγραφικό, οικονομικό και κοινωνικό πλαίσιο.

Η ενίσχυση της συνεργασίας με τοπικούς φορείς, Πανεπιστήμια, μη κυβερνητικές οργανώσεις και ενεργούς πολίτες.

Η επιδίωξη της συμμετοχής όλων των συναρμόδιων φορέων στη διαχείριση του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. μέσω της διάδοσης και χρήσης των αποτελεσμάτων ερευνητικών και άλλων προγραμμάτων.

Η συμμετοχή του Φορέα στην οικονομική ανάπτυξη της περιοχής, σύμφωνα πάντα με τις γενικότερες αρχές και στόχους του Φορέα Διαχείρισης.

Η επίτευξη ολοκληρωμένης διαχείρισης του θαλάσσιου πάρκου διαμέσου της ενεργούς διακυβέρνησης και διαρκούς βελτίωσης των μεθόδων διαχείρισης.

Η επίτευξη αποτελεσματικής διαχείρισης του θαλάσσιου πάρκου, κυρίως μέσω της δέσμευσης της τοπικής κοινωνίας στην προστασία του Ε.Θ.Π.Α,Β.Σ., και της κατανόησης και αποδοχής των ρυθμιστικών μέτρων και των διαχειριστικών σχεδίων.

Η ελαχιστοποίηση των εξόδων λειτουργίας του Πάρκου σύμφωνα με τις ανάγκες και τους συγκεκριμένους στόχους του Φορέα Διαχείρισης.