O Φορέας Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. είναι υπεύθυνος για τη Διαχείριση του Θαλάσσιου Πάρκου και τη καθημερινή λειτουργία του. Η αποτελεσματική προστασία του Πάρκου αποτελεί πρόκληση για το Φορέα.
Το καθημερινό πρόγραμμα λειτουργίας κατευθύνει τις δράσεις πεδίου και τις καθημερινές δραστηριότητες του Φορέα που είναι απαραίτητες για την αποτελεσματική διαχείριση του Πάρκου.
Το καθημερινό πρόγραμμα λειτουργίας, με την καθοδήγηση και επίβλεψη του Διοικητικού Συμβουλίου του Φορέα, υλοποιείται από το επιστημονικό και τεχνικό προσωπικό του Φορέα σε συνεργασία με μη κυβερνητικές οργανώσεις, Πανεπιστήμια, δημόσιους φορείς, επαγγελματικές οργανώσεις και την τοπική κοινωνία.
Η προστασία των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών και στοιχείων του Πάρκου από παράνομες δραστηριότητες, επιτυγχάνεται και με τη συνεργασία των Λιμενικών Αρχών Σκοπέλου και Αλοννήσου. Το προσωπικό του Φορέα Διαχείρισης αποτελείται από 6 άτομα τα οποία έχουν ως έδρα τα κεντρικά γραφεία του Φορέα στο Πατητήρι Αλοννήσου.
Το προσωπικό του φορέα επιτυγχάνει την αποτελεσματική διαχείριση του πάρκου μέσω προγραμμάτων:
- Παρακολούθησης, επιτήρησης και φύλαξης του Πάρκου
- Ενημέρωσης των επισκεπτών
- Προστασίας των φυσικών πόρων
- Έρευνας
Το καθημερινό πρόγραμμα λειτουργίας του Φορέα Διαχείρισης στοχεύει επίσης στην ενημέρωση των χρηστών του Πάρκου προσφέροντάς συγκεκριμένες πληροφορίες ανάλογα με τις ανάγκες των διαφορετικών χρηστών.
Το προσωπικό του Πάρκου παρέχει πληροφορίες σε απλούς επισκέπτες, σε σχολεία, επαγγελματίες κλπ., που έχουν ανάγκη ενημέρωσης για την καθημερινή λειτουργία του πάρκου και τα ισχύοντα ρυθμιστικά μέτρα.