Το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου Βορείων Σποράδων είναι το μεγαλύτερο Ευρωπαϊκό Θαλάσσιο πάρκο και το πρώτο στην Ελλάδα. Οι προσπάθειες για την προστασία της περιοχής ξεκινούν από τις αρχές του 1970. Στις 31 Αυγούστου του 1986 υπεγράφη η πρώτη απόφαση από τον νομάρχη Μαγνησίας για την προστασία της μεσογειακής φώκιας (Monachus monachus) και των βιοτόπων της.

Το 1988 ακολουθεί Κοινή Υπουργική Απόφαση για την προστασία της μεσογειακής φώκιας η οποία στη συνέχεια ανανεώθηκε το 1990. Τον Μάιο του 1992, με έκδοση Προεδρικού Διατάγματος, η περιοχή ανακηρύχθηκε “Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο”. Τελικά, τον Ιούνιο του 2003 με Κοινή Υπουργική Απόφαση (Υ.ΠΕ.ΧΩ.ΔΕ., Υπ. Γεωργίας, Υπ. Εμπορικής Ναυτιλίας και Υπ. Ανάπτυξης) τέθηκε το διαχειριστικό πλαίσιο για την περιοχή και δημιουργήθηκε ο Φορέας Διαχείρισης ο οποίος καθίσταται υπεύθυνος για την προετοιμασία και εφαρμογή του Διαχειριστικού Σχεδίου του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ.

Το Διοικητικό Συμβούλιο του Φορέα Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. αποτελείται από δέκα (10) μέλη, όπου συμμετέχουν εκπρόσωποι εθνικών, περιφερειακών και τοπικών φορέων, τοπικών επαγγελματικών ενώσεων και μη κυβερνητικών περιβαλλοντικών οργανώσεων. Πρόεδρος του Φορέα Διαχείρισης ορίσθηκε τον Ιούνιο του 2010 ο κ. Στέφανος Παρασκευόπουλος, Καθηγητής Οικολογίας και Αγωγής στην Προστασία του Περιβάλλοντος του Παιδαγωγικού Τμήματος Ειδικής Αγωγής, του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.

Η χρηματοδότηση του Φορέα Διαχείρισης έχει εξασφαλιστεί από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα “Περιβάλλον” (ΕΠΠΕΡ) και ήδη έχουν αρχίσει να φαίνονται τα πρώτα αποτελέσματα. Τον Μάιο του 2007, για πρώτη φορά στη μακρόχρονη ιστορία του πάρκου προσλήφθηκαν 11 επιστήμονες και τεχνικό προσωπικό, δημιουργήθηκαν γραφεία του Φορέα στην Αλόννησο, άρχισαν να εφαρμόζονται προγράμματα φύλαξης, έρευνας και ευαισθητοποίησης του κοινού και ξεκίνησε η προετοιμασία του πενταετούς Διαχειριστικού Σχεδίου του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ.

Το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου Βορείων Σποράδων είναι μέλος του  MedPan (Network of Marine Protected Areas in the Mediterranean).