Η επιτήρηση και φύλαξη μίας τόσο μεγάλης περιοχής απαιτεί υπεύθυνη και συστηματική προσέγγιση. Το σκάφος επιτήρησης περιπολεί όλη τη περιοχή του Πάρκου σε καθημερινή βάση, καταγράφοντας την κατάσταση του περιβάλλοντος και ελέγχοντας τις δραστηριότητες στην περιοχή.

Ο Φορέας Διαχείρισης θεωρεί πως η εκπαίδευση και η ενημέρωση είναι η πιο αποτελεσματική στρατηγική για την ενθάρρυνση συμμόρφωσης του κοινού στις αρχές και ρυθμίσεις που διέπουν το Πάρκο.

Εντούτοις, η αυστηρή εφαρμογή του νόμου και η επιβολή κυρώσεων είναι δύο σημαντικά εργαλεία στα χέρια των φυλάκων του Πάρκου που έχουν και τη διακριτική ευχέρεια να αποφασίζουν πότε θα τα εφαρμόζουν.

Είναι προφανές, ότι ο ρόλος όλων όσων δραστηριοποιούνται στο Πάρκο είτε για ψυχαγωγία είτε για εμπορικούς σκοπούς, είναι ζωτικής σημασίας για την επιτήρηση και την εφαρμογή των ρυθμιστικών μέτρων που ισχύουν. Η αναφορά παράνομων δραστηριοτήτων από το ευρύ κοινό (αλιείς, τουρίστες κ.λπ.) είναι σημαντική πηγή πληροφόρησης για την αποτελεσματική φύλαξη του Πάρκου και δεν πρέπει σε καμία περίπτωση να υποτιμάται.

Μέσα επιτήρησης, ελέγχου & έρευνας

Ο Φορέας Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. διαθέτει δύο φουσκωτά ταχύπλοα σκάφη μήκους 8.20 και 6.50 μέτρων για την επιτήρηση, τον έλεγχο και την έρευνα και τη φύλαξη της περιοχής του Θαλάσσιου Πάρκου.

Τον Απρίλιο του 2009, έγινε η παράδοση του ερευνητικού σκάφους του φορέα, το οποίο είναι πολυεστερικό ταχύπλοο σκάφος μήκους 14 m., εξοπλισμένο με δύο πετρελαιομηχανές (2×370 hp).