Το Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. περιλαμβάνει, θαλάσσιες και χερσαίες εκτάσεις που δημιουργούν ένα σημαντικό οικοσύστημα με μεγάλη βιοποικιλότητα, με σημαντικά γεωμορφολογκά και πολιτιστικά στοιχεία (αρχαιολογικά, ιστορικά κ.λπ.). Η νομοθεσία που διέπει την ίδρυση και λειτουργία του Πάρκου στοχεύει στην προστασία και τη διατήρηση των σπάνιων ειδών και των βιοτόπων τους, της πολιτιστικής κληρονομιάς, αλλά και της ανάπτυξης της περιοχής μέσω της αειφορικής διαχείρισης των φυσικών της πόρων.

Η νομοθεσία που διέπει το Πάρκο και η οποία περιλαμβάνει τα ρυθμιστικά μέτρα και το γενικό διαχειριστικό πλαίσιο της περιοχής, είναι η κοινή Υπουργική Απόφαση με αριθμ. φύλλου 621/23537/2003.

Η βασική φιλοσοφία οργάνωσης του Πάρκου συνίσταται στο χωρισμό του σε δύο κύριες ζώνες προστασίας (Α και Β).

Ζώνη Α

Στη Ζώνη Α, αυστηρής προστασίας, ισχύουν ιδιαίτερες ρυθμίσεις σε επιμέρους περιοχές ανάλογα με τη κρισιμότητα, τη μοναδικότητα και τη φυσικότητα τους.

Για την είσοδο στη Ζώνη Α είναι απαραίτητη η λήψη ειδικής άδειας από το Φορέα Διαχείρισης. Το κυνήγι απαγορεύεται καθώς επίσης υπάρχουν και ειδικές ρυθμίσεις όσον αφορά την επαγγελματική αλιεία (παράκτια και μέση αλιεία). Επίσης υπάρχουν ρυθμίσεις για την ερασιτεχνική αλιεία, ενώ σε όλη την περιοχή του Πάρκου δεν επιτρέπεται η χρήση φωτιάς, η ελεύθερη κατασκήνωση και το ψαροντούφεκο. Στις περιοχές που επιτρέπεται η πρόσβαση στα σκάφη αναψυχής και στα επαγγελματικά τουριστικά σκάφη, επιτρέπεται η αγκυροβολία, η κολύμβηση, η παρατήρηση της πανίδας και χλωρίδας, η φωτογράφηση και η βιντεοσκόπηση και η επίσκεψη σε πολιτιστικά μνημεία. Επίσης επιτρέπεται και η διανυκτέρευση εντός των σκαφών σε συγκεκριμένες περιοχές.

Ζώνη Β

Στη Ζώνη Β, περιλαμβάνονται οι κατοικημένες περιοχές, στις οποίες ισχύει χαμηλότερος βαθμός προστασίας.

Στη Ζώνη Β δεν υπάρχουν ιδιαίτερες ρυθμίσεις για τον επισκέπτη με εξαίρεση την απαγόρευση της ελεύθερης κατασκήνωσης και της χρήσης φωτιάς και σε ορισμένες περιοχές τη ρύθμιση της ταχύτητας των σκαφών. Επίσης, υπάρχουν ειδικές ρυθμίσεις για την ερασιτεχνική και τη μέση επαγγελματική αλιεία εκτός αυτών που ισχύουν σύμφωνα με την εθνική νομοθεσία.

Το σχέδιο δράσης του Φορέα θα εστιαστεί αρχικά:

• Στην προστασία της μεσογειακής φώκιας αλλά και των βιοτόπων άλλων σπάνιων και απειλούμενων ειδών.
• Στην προστασία, τη διατήρηση και διαχείριση της άγριας ζωής, του φυσικού τοπίου, της πολιτιστικής κληρονομιάς και των αλιευτικών πόρων.
• Στην παροχή ενός μεγάλου φάσματος ευκαιριών χρήσεων μέσα στο Πάρκο όχι μόνο για τους κατοίκους της Αλοννήσου, αλλά και για την παγκόσμια κοινότητα, σύμφωνα πάντα με την αποτελεσματική διαχείριση και προστασία του φυσικού περιβάλλοντος και της πολιτιστικής κληρονομιάς.
• Στην αποτελεσματική διαχείριση των επιπτώσεων από τις ανθρώπινες δραστηριότητες με στόχο τη διατήρηση και αποκατάσταση του φυσικού οικοσυστήματος και της πολιτιστικής κληρονομιάς.
• Στην επιτήρηση και φύλαξη της περιοχής.
• Στην περιβαλλοντική εκπαίδευση, πληροφόρηση και ευαισθητοποίηση του κοινού, παρέχοντας εύκολα προσβάσιμο πληροφοριακό και εκπαιδευτικό υλικό σε κατανοητή μορφή.
• Στην προώθηση του εθελοντισμού.
• Στην περιβαλλοντική εκπαίδευση και κατάρτιση διαμέσου της διάδοσης των ερευνητικών αποτελεσμάτων όσον αφορά τη βιοποικιλότητα του Θαλάσσιου Πάρκου.
• Στη σωστή και εμπεριστατωμένη πληροφόρηση του Υ.ΠΕ.ΧΩ.Δ.Ε. και στην παροχή συμβουλευτικής στήριξης στην προετοιμασία Θαλάσσιας Περιβαλλοντικής Νομοθεσίας και ειδικά αυτής που μπορεί να επηρεάσει άμεσα τη διαχείριση του Πάρκου.
• Στην προετοιμασία και εφαρμογή ολοκληρωμένου και επιστημονικά τεκμηριωμένου Διαχειριστικού Σχεδίου.

Το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου Βορείων Σποράδων είναι το μεγαλύτερο Ευρωπαϊκό θαλάσσιο πάρκο και το πρώτο στην Ελλάδα. Οι προσπάθειες για την προστασία της περιοχής ξεκινούν από τις αρχές του 1970. Στις 31 Αυγούστου του 1986, υπεγράφη η πρώτη απόφαση από το νομάρχη Μαγνησίας για την προστασία της μεσογειακής φώκιας (Monachus monachus) και των βιοτόπων της. Το 1988 ακολουθεί Κοινή Υπουργική Απόφαση για την προστασία της μεσογειακής φώκιας η οποία στη συνέχεια ανανεώθηκε το 1990. Το Μάιο του 1992, με έκδοση Προεδρικού Διατάγματος, η περιοχή ανακηρύχθηκε «Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο». Τελικά τον Ιούνιο του 2003 με Κοινή Υπουργική Απόφαση (Υ.ΠΕ.ΧΩ.Δ.Ε., Υπ. Γεωργίας, Υπ. Εμπορικής Ναυτιλίας και Υπ. Ανάπτυξης) τέθηκε το διαχειριστικό πλαίσιο για την περιοχή και δημιουργήθηκε ο Φορέας Διαχείρισης ο οποίος καθίσταται υπεύθυνος, για την προετοιμασία και εφαρμογή του Διαχειριστικού Σχεδίου του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ.

Το Διοικητικό Συμβούλιο του Φορέα Διαχείρισης του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ. αποτελείται από δέκα (10) μέλη, όπου συμμετέχουν εκπρόσωποι εθνικών, περιφερειακών και τοπικών φορέων, τοπικών επαγγελματικών ενώσεων και μη κυβερνητικών περιβαλλοντικών οργανώσεων. Πρόεδρος του Φορέα Διαχείρισης ορίσθηκε τον Ιούνιο του 2010 ο κ. Στέφανος Παρασκευόπουλος, Καθηγητής Οικολογίας και Αγωγής στην Προστασία του Περιβάλλοντος του Παιδαγωγικού Τμήματος Ειδικής Αγωγής, του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.

Η χρηματοδότηση του Φορέα Διαχείρισης έχει εξασφαλιστεί από το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα “Περιβάλλον” (ΕΠΠΕΡ) και ήδη έχουν αρχίσει να φαίνονται τα πρώτα αποτελέσματα. Το Μάιο του 2007, για πρώτη φορά στη μακρόχρονη ιστορία του πάρκου προσλήφθηκαν 11 επιστήμονες και τεχνικό προσωπικό, δημιουργήθηκαν γραφεία του Φορέα στην Αλόννησο, άρχισαν να εφαρμόζονται προγράμματα φύλαξης, έρευνας και ευαισθητοποίησης του κοινού και ξεκίνησε η προετοιμασία του πενταετούς Διαχειριστικού Σχεδίου του Ε.Θ.Π.Α.Β.Σ.

Το Εθνικό Θαλάσσιο Πάρκο Αλοννήσου Βορείων Σποράδων είναι Μέλος του MedPAN (Network of Marine Protected Areas in the Mediterranean).